快件运营人的备案审批运营人向海关申请办理进出境快件报关登记备案手续，应当事先取得代理报关资格，并向所在地海关提交申请书、对外经贸主管部门准许开办进出境快件营运业务的批准文件、企业法人营业执照；代理报关注册登记证书复印件；企业章程；与境外合作者（包括境内企业 法人在境外设立的分支机构）的合作运输合同（或协议）；专用监管仓库图纸；海关需要的其他文件，由所在地海关进行审核并提出意见后，转报海关总署审核批准。
营运人所在地海关应当自收到前款所述文件之日起30日内提出意见，并转报海关总署。海关总署自收到营运人所在地海关转报文件之日起的60日内应做出批复决定。经海关总署审核批准的，发给批准文件。营运人凭海关总署所发批准文件向所在地海关办理登记备案手续，所在地海关办完登记备案手续后核发《进出境快件运营人登记备案证书》。运营人须获得《进出境快件运营人登记备案证书》，且其专职报关员取得报关员证件后，方可办理进出境快件的报关手续。运营人自获得《进出境快件运营人登记备案证书》之日起6个月内未开展业务的，《进出境快件运营人登记备案证书》即自动失效。快件的报关程序快件运营企业用快件EDI通关申报系统录入《快件货物报关单》，并向海关申报；进境地海关收到电子报关数据后进行电子审核，并发送放行电子回执；快件运营企业收到放行电子回执后，打印电子放行通知书，凭以提货。如海关决定查验的，则由海关查验部门办理查验手续。快件货物的报关程序快件运营企业或报关代理公司用快件EDI通关申报系统录入《快件货物报关单》，并向海关申报；进境地海关收到电子报关数据后进行电子审核，并发送放行电子回执；快件运营企业或报关代理公司收到电子放行信息后，向海关递交《快件货物报关单》、发票、运单等书面单证；海关审核无误后，在运单上加盖海关货物放行章，快件运营企业或报关代理公司凭运单提货。